Według relacji św. Stanisława w czasie choroby, kiedy pomimo próśb nie mógł otrzymać Komunii Świętej, (właściciel domu nie chciał wpuścić do domu katolickiego kapłana), św. Barbara, patronka dobrej śmierci, nawiedziła jego pokój i przyniosła mu Eucharystię, a Matka Boża z Dzieciątkiem cudownie go uzdrowiła. Wróciwszy do zdrowia św. Stanisław postanowił wstąpić do zakonu. Na to nie wyraził zgody jego Ojciec. Stanisław zdobył się jednak na heroiczny czyn, uciekł do Augsburga, aby tam wstąpić do zakonu jezuitów. W ucieczce pomógł mu jezuita Franciszek - Antonio dając mu list polecający do prowincjała Piotra Kanizego. W Augsburgu nie zastał prowincjała, udał się więc do Dylingi. Tu trafił na niekorzystny czas dla siebie - dwóch zakonników z Polski wystąpiło z zakonu i przeszło na protestantyzm. W takiej sytuacji o przyjęciu Polaka nie było mowy, ale po długiej dyskusji przyjęto go, jako pomocnika do posług w kuchni. Po kilku tygodniach dostrzeżono i doceniono jego pokorę, pracowitość i pobożność i wysłano go wraz z dwoma innymi kandydatami do Rzymu. Tutaj, całą trójkę umieszczono w nowicjacie przy kościele św. Andrzeja. Stanisław zwrócił na siebie uwagę swoją pobożnością i duchową dojrzałością. Ojciec Stanisława postanowił za wszelką cenę wydostać syna z klasztoru, ale modlitwa Świętego sprawiła, że przełożeni zakonu pozwolili młodzieńcowi wiosną 1568 r. złożyć śluby zakonne. To był najszczęśliwszy okres w jego życiu. Nagle 13 sierpnia młody zakonnik zachorował na malarię W wigilię Wniebowzięcia NMP zemdlał, a kilka minut po północy 15.08.1568 r. św. Stanisław zmarł. Według zeznań kolegów, zawsze prosił Najświętszą Marię Pannę, o swoją śmierć w dzień Jej Wniebowzięcia.
Kult św. Stanisława Kostki zrodził się natychmiast i spontanicznie. W dwa lata po śmierci, kiedy otwarto grób, znaleziono jego ciało nietknięte rozkładem. W 1606 roku, po długim procesie kanonizacyjnym, papież Klemens X zatwierdził tytułem błogosławionego św. Stanisława, a uroczystości beatyfikacyjne odbyły się najpierw w Rzymie, w domu św. Andrzeja, a potem w Polsce. Był to pierwszy Błogosławiony Towarzystwa Jezusowego.
Świętym ogłosił go Benedykt XIII, 31 grudnia 1726 roku. Relikwie św. Stanisława znajdują się w Rzymie, w kościele jezuitów św. Andrzeja. W dwustulecie kanonizacji, w 1926 roku sprowadzono do Polski cząstkę jego relikwii i umieszczono w rodzinnym Rostkowie.
Papież Jan XXIII uznał św. Stanisława szczególnym patronem młodzieży polskiej.
Jego święto obchodzimy 18 września - na początku roku szkolnego - aby młodzież mogła mu oddawać nie tylko chwałę, ale i polecać się Jego wstawiennictwu. Św. Stanisława Kostkę obrało sobie za patrona wiele nowicjatów, seminariów i kół ministrantów. Jest patronem około sześćdziesięciu kościołów w Polsce: m. in. katedry w �?odzi, kościoła na Żoliborzu w Warszawie, a w Krakowie, w bazylice Najświętszego Serca Pana Jezusa, (u księży Jezuitów przy ul. Kopernika), znajduje się ołtarz poświęcony św. Stanisławowi.
Modlitwy do św. Stanisława Kostki
Modlitwa o prawdziwą miłość
Boże, który jesteś Miłością i obficie nas nią obdarzasz, wysłuchaj łaskawie
próśb naszych i spraw, byśmy - za przykładem Świętego Stanisława codziennie
świadcząc o Tobie, życie nasze miłością Boga i bliźniego wypełniali. Przez
Chrystusa Pana naszego. Amen.
Modlitwa o wierność Bogu
Wszechmogący Boże, który przedziwnym zrządzeniem wybrałeś Świętego Stanisława
Kostkę i uzdolniłeś go do wierności Tobie, wejrzyj, na naszą słabość i
niestałość. Spraw łaskawie, abyśmy - dzięki wstawiennictwu i opiece Świętego
Stanisława - do końca naszego życia w wierności Tobie wytrwali. Amen.
Modlitwa o świętość życia
Boże, któryś wśród wielu cudów swojej mądrości udzielił Stanisławowi Kostce w
młodzieńczym wieku łaskę dojrzałej świętości, spraw, prosimy, abyśmy - w
przyjaźni z Tobą wzrastając - za wstawiennictwem Świętego Stanisława -
przezwyciężali nieprawości nasze i dobrze w życiu czyniąc coraz bardziej
upodabniali się do Ciebie. Przez Chrystusa Pana naszego. Amen.
Modlitwa o dar mądrości
Prosimy Cię, Panie, za wstawiennictwem Świętego Stanisława, oświeć światłem
swej mądrości umysły nasze i daj nam pomoc potrzebną w nauce, by prawda którą
zdobywamy, utwierdziła nas przy Tobie. Spraw, byśmy wykorzystując zdobytą
wiedzę, służyli Tobie w braciach naszych i wespół z Tobą pracowali nad
doskonaleniem świata. Przez Chrystusa Pana naszego. Amen.
Modlitwa o zachowanie czystości
Ojcze Niebieski, serdecznie Cię prosimy, oczyść sumienia i za wstawiennictwem
Świętego Stanisława racz nas zachować w nieustannej opiece, byśmy, jak On,
służyli Tobie w czystości ciała i duszy. Przez Chrystusa Pana naszego. Amen.
Modlitwa o dobrą śmierć
Wysłuchaj, Panie prośby nasze, które za przyczyną Świętego Stanisława zanosimy:
użycz łaski szczęśliwego przejścia do wieczności i radosnego spotkania z Tobą.
Wzmocnij w nas wiarę, że po zmartwychwstaniu żyć będziemy w chwale wśród
świętych wybranych Twoich. Przez Chrystusa Pana naszego. Amen