Przez północną część wsi przecinając ciemno-zielone zagajniki, przepływa z południowego - wschodu na północny-zachód rzeka Wilga, tworząc szeroką dolinę, wypełnioną łąkami.
Istotne znaczenie w
ukształtowaniu terenu ma również lewobrzeżny dopływ Wilgi potok Koźmiczanka,
związany z mniejszymi dopływami.
Do Koźmic należy fragment najładniejszego lasu gminy Wieliczka - Czarnego Lasu. Porasta on strome zbocza, niedostępne do uprawy roli. Jest to las dębowo - bukowy z niewielką domieszką świerka i sosny. Takich lasów pozostało do dzisiaj w Polsce niewiele Warstwę podszycia i runa stanowią w nim jeżyny i maliny oraz borowiny, poziomki leśne i grzyby. Tych ostatnich rośnie tutaj dość dużo, co jest zachętą dla grzybiarzy.
Tereny położone nad
rzekami porośnięte są licznymi lasami łęgowymi, w składzie, których przeważają
wierzby i topole. W tych leśnych ostojach można spotkać rzadko występujące
krzewy i rośliny chronione:
wawrzynek wilcze łyko; żółty pierwiosnek wyniosły;
storczyk plamisty; pięknie pachnącą konwalię majową; majestatyczną lilię
złotogłów; dziewięćsił pospolity; dziewięćsił bezłodygowy; skrzyp olbrzymi i
ciemiążnicę białą. W dolinach rzek i na nadbrzeżnych łąkach rosną zawilce żółte
i zawilce gajowe, grążel żółty.
Faunę koźmickich zbiorowisk leśnych stanowią dość liczne ssaki: jelenie, sarny, łasice i lisy.
Bogato reprezentowane są płazy: traszki - zamieszkujące wilgotne tereny nad rzekami, rzekotki drzewne - zwierzęta nadrzewne potrafiące zgrabnie przeskakiwać z liścia na liść i chwytać lecące owady także w trakcie skoku, żaby moczarowe - zamieszkujące na łąkach i polach uprawnych.
Z gadów można jeszcze spotkać żółwia błotnego o charakterystycznym owalnym pancerzu i brązowym zabarwieniu, zamieszkującego w mulistym dnie rzeki, oraz jaszczurki - żyjące głównie nad rzekami i na nasłonecznionych, śródleśnych polanach.
Największą grupę stanowią owady. Są to głównie ważki - obserwowane w wilgotnych siedliskach nadwodnych, pasikoniki - związane z polami i łąkami, mszyce - groźny szkodnik w rolnictwie; duża ilość chrząszczy, chruścików, motyli i ciem, szerszeni i muchówek. W lasach i na nieskoszonych miedzach jest dużo mrowisk.
Nieskoszone łąki są terenem pobytu bażantów i kuropatw. Wśród drzew żyją dzięcioły, zięby, sikorki, szpaki. Często daje się zauważyć gniazda jaskółek powracających po latach pod nasze dachy
Wśród zagonów coraz mniej obsiewanych zbożami można spotkać pięknie kwitnące czerwone maki, niebieskie bławatki, biały rumianek, a na miedzach, macierzankę i żółty dziurawiec.
